Nació en Chiclayo, Perú, el 1 de octubre de 1843, sus padres fueron don Carlos Aguirre y doña María Candelaria Romero.
En 1858 ingresó a la Escuela Naval, egresando como guardiamarina en 1861, destinado a la fragata “Amazonas”. En 1864 ascendió a alférez de fragata y en 1865 a teniente 2°. Embarcado en la corbeta “Unión”, participó el 7 de febrero de 1866 en el combate naval de Abtao, ocasión en que la escuadra chileno peruana enfrentó a la escuadra española, durante la Guerra contra España. Por su actuación fue ascendido a teniente 1°. Fue retirado del servicio y sometido a juicio por protestar por el nombramiento del norteamericano John R. Tucker como jefe de la escuadra, quedando posteriormente absuelto. En agosto de 1867 volvió al servicio, embarcándose en la “Apurímac”. En noviembre de 1868 viajó a Estados Unidos, para traer a los monitores “Atahualpa” y “Manco Cápac”, asumiendo la segunda comandancia del “Manco Cápac”. Posteriormente, pasó a desempeñar igual cargo en la “Unión”, viajando a Inglaterra. Fue ascendido a capitán de corbeta en 1870, asumiendo la subdirección de la Escuela Naval. En 1875 asumió el mando de la cañonera “Chanchamayo”, la que naufragó el 13 de julio de 1876, siendo destituido y enjuiciado. Separado del servicio naval, se dedicó al negocio guanero.
Al estallar la Guerra del Pacífico, solicitó su reincorporación al servicio, siendo embarcado en la corbeta “Unión”, en la que participó en el primer combate naval de la guerra, Chipana, 12 de abril de 1879. Conocedor de sus capacidades, el almirante Grau solicitó al gobierno su trasbordo al “Huáscar”, lo que fue aceptado en julio, siendo nombrado segundo comandante del blindado.
Después de la muerte de Grau, durante la Batalla Naval de Angamos, 8 de octubre de 1879, asumió el mando del “Huáscar”. Al verse asediado por el fuego de los blindados chilenos, ordenó atacar al espolón y en plena maniobra fue alcanzado por una granada que le ocasionó la muerte. El 28 de mayo de 1880 fue condecorado póstumamente con la "Cruz de Acero de la Legión del Mérito".
Sus restos fueron enterrados en Mejillones y en 1908 repatriados y sepultados en la Cripta de los Héroes del Cementerio Presbítero Matías Maestro de Lima.