Nació en Valparaíso el 3 de noviembre de 1839, sus padres fueron el marino sueco Joaquín Thomson y doña Manuela Porto Mariño.
En 1851 ingresó a la Escuela Militar. Siendo cadete, tuvo su primera acción de guerra en la defensa del Palacio de la Moneda ante un intento de Golpe de Estado. En 1853 ingresó a la Armada como guardiamarina. En 1861, a bordo de la “Esmeralda”, fue jefe de la Comisión exploradora del río Bío-Bío y sus afluentes, cuyo informe fue publicado como Memoria en 1865, en los anales de la Universidad de Chile. Ese año, fue nombrado segundo comandante de la “Esmeralda”, enfrentando la Guerra contra España, participando el 26 de noviembre, en el Combate Naval de Papudo, en que se capturó a la “Covadonga”. En reconocimiento a su desempeño, fue ascendido a capitán de corbeta, tomando el mando de ésta, participando luego en el Combate Naval de Abtao. Terminada la Guerra, continuó al mando de la “Covadonga”, hasta el año 1870, en que pasó a servir a la Comandancia General de Marina. Pocos años después se retiró de la Armada, reincorporándose al comenzar la Guerra del Pacífico, como capitán de fragata, tomando el mando de la “Esmeralda”. El 11 de mayo, entregó el mando de la corbeta al comandante Prat, asumiendo el mando de la “Abtao”.
El 23 de diciembre de ese año, al mando del transporte “Amazonas”, capturó en el puerto de Ballenitas, Ecuador, a la torpedera “Alay”.
Los primeros días de enero de 1880, asumió el mando del “Huáscar” y el 25 de febrero de 1880 inició el bloqueo de Arica. En la mañana del 27, su buque se enfrentó con los fuertes del Morro y del “Manco Cápac”. Al poco rato, avistó un tren, acercándose a la costa para cañonearlo, recibiendo un tiro que mató a 8 hombres y dejó 12 heridos. En la tarde, se enfrentó con el “Manco Cápac”. Cuando estaba a corta distancia, decidió espolonearlo, ordenando toda potencia a la máquina, pero ésta no respondió, quedando su buque inmóvil a 50 mts. del “Manco Cápac”, el que disparó un proyectil que estalló en toldilla, donde se encontraba él, siendo literalmente destrozado. La hoja de su espada, sin la empuñadura, se clavó en la cubierta del “Huáscar”, no lejos del lugar donde falleció el comandante Prat.
